EDI moodulid koosnevad tavaliselt mitmest võtmekomponendist, mis töötavad koos ettevõtetevahelise andmeedastuse standardiseerimiseks ja automatiseerimiseks. Laias laastus võib need jagada andmete teisenduskihiks, side edastuskihiks, ärikaardistamise kihiks ja süsteemiintegratsioonikihiks, millest igaühel on oma kohustused.
Andmete teisendamise ja kaardistamise moodul on üks EDI põhikomponente. See vastutab ettevõtte sisemiste süsteemide töötlemata andmete (nt ERP- või CRM-andmed) teisendamise eest EDI-sõnumiteks, mis vastavad standardvormingutele, nagu EDIFACT või ANSI X12. Samal ajal vastutab see ka väliste partnerite andmete pöördparsimise eest, teisendades need struktureeritud andmeteks, mis on ettevõtte sisesüsteemide poolt äratuntavad. Väljade kaardistamise reeglid ja andmete valideerimise reeglid mängivad selles protsessis otsustavat rolli.
Side- ja edastusmoodul vastutab eelkõige EDI-teadete turvalise edastamise eest erinevate ettevõtete vahel. Levinud meetodid hõlmavad VAN-võrke, AS2-protokolle või API{2}}põhiseid edastusmeetodeid. See moodul sisaldab tavaliselt ka sõnumijärjekordi, korduskatsemehhanisme ja edastuse oleku jälgimist, et tagada andmete usaldusväärne edastamine isegi keerukates võrgukeskkondades.
Süsteemi integreerimise ja halduse moodulit kasutatakse EDI võimaluste kinnistamiseks ettevõtte olemasolevatesse ärisüsteemidesse. Tavaliselt on see sügavalt integreeritud ERP-, WMS- või tarneahela haldussüsteemidega, et automatiseerida äriprotsesse, nagu tellimuste töötlemine, tarnimine ja vastavusse viimine. Samal ajal pakub see moodul logimise, erandite käsitlemise ja jälgimise funktsioone, hõlbustades ettevõtete andmevahetusprotsesside jälgimist ja haldamist.