EDI moodulite põhikonfiguratsioon tiirleb tavaliselt kolme valdkonna ümber: side koostalitlusvõime, andmetöötlus ja ärikoostöö. See tagab stabiilse ja täpse äriandmete vahetamise erinevate ettevõttesüsteemide vahel. Praktikas valmivad need konfiguratsioonid üldjuhul integratsiooniplatvormi või vahevara raames ning kohandatakse vastavalt erinevate partnerite vajadustele.
Sidekihi konfiguratsioon keskendub koostalitlusvõime meetodi ja turbeparameetrite määramisele, näiteks edastusprotokollide (nt AS2, SFTP või VAN) kasutamisele. See nõuab ka mõlema suhtleva osapoole identifitseerimisteabe (partneri ID), sertifikaatide, krüpteerimismeetodite ja allkirjareeglite konfigureerimist, et tagada andmete turvalisus ja terviklikkus edastamise ajal. Lisaks kuuluvad selle jaotise alla ka sõnumijärjekorra sätted, korduskatsemehhanismid ja ajalõpureeglid, mida kasutatakse edastamise usaldusväärsuse parandamiseks.
Andme- ja ärikonfiguratsioon hõlmab peamiselt sõnumitüübi määratlusi, väljade vastendamise reegleid ja vormingu teisendusreegleid. Andmestruktuurid on ettevõteteti sageli erinevad, seega on sisemiste süsteemiväljade EDI standardväljadega vastendamiseks vaja vastenduskonfiguratsioone. Samuti on konfigureeritud äritegevuse käivitamise reeglid, nagu tellimuste genereerimine, saadetise tagasiside või kooskõlastustsüklid, mis võimaldavad EDI andmevahetuse manustada konkreetsetesse äriprotsessidesse.