Veepuhastusseadmete põhiomadused peegelduvad peamiselt puhastusmeetodite mitmekesisuses, süsteemide integreerituses, pidevas töös ja laias kohanemisvõimes vee kvaliteedinõuetega.
Kaasaegsed veepuhastusseadmed ei ole tavaliselt ühe{0}}funktsiooniga seade, vaid pigem mitme puhastusüksuse kombinatsioon, näiteks eeltöötluse, südamiku töötlemise ja järeltöötluse{1}}kombinatsioon. Näiteks pöördosmoosi või membraani bioreaktorit kasutavad süsteemid nõuavad stabiilse väljavoolu tagamiseks sageli mitmeastmelist koordineerimist, sealhulgas esi-filtreerimist ja tagumist-desinfitseerimist.
Enamik veetöötlusseadmeid kasutab PLC juhtimissüsteeme, et automatiseerida pumba käivitamist{0}}, rõhu reguleerimist, tagasipesu ja keemiliste doseerimisprotsesse, vähendades sellega käsitsi sekkumist. Samal ajal on seadmed tavaliselt ette nähtud pidevaks tööks, et rahuldada tööstus- või olmevee katkematuid varustusvajadusi.
Veepuhastusseadmed peavad toime tulema erinevate veekvaliteedi kõikumistega, nagu hägususe, soolsuse või orgaanilise aine kontsentratsiooni kõikumine. Seetõttu on süsteemil tavaliselt teatud puhverdus- ja reguleerimisvõime, mis tagab heitvee stabiilsuse mitmeetapilise töötlemise või protsesside redundantsi kaudu. Näiteks suudavad MBR-süsteemid säilitada stabiilsed töötlemistulemused isegi suure mudakontsentratsiooniga.
Veepuhastusseadmed vajavad tavaliselt regulaarset hooldust, näiteks membraani puhastamist, filtrikandjate vahetamist või doseerimissüsteemi kalibreerimist. Samuti kulutab töö käigus energiat, eriti membraanisüsteeme ja survestamisprotsesse, mis seavad pumpamisele ja rõhu reguleerimisele kõrged nõudmised. Seetõttu tuleb projekteerimisetapis sageli leida tasakaal ravi tõhususe ja tegevuskulude vahel.